Illumina i Prostornih Transkriptomija: Nova Era Multiomike
U svijetu biotehnologije, Illumina je već dugo vremena sinonim za vrhunsko sekvenciranje DNA. Međutim, dok se čini da su genetička istraživanja bila u centru pozornosti, nedavni naglasak na multiomici otvara vrata novim tehnologijama, među kojima prostrana transkriptomija zauzima posebno mjesto. Unatoč tome što je dugoočekivana, ova domena nije bila prisutna u Illumininom portfelju sve do nedavno.
Najava novog programa prostorne tehnologije
Skoro neposredno prije godišnje konferencije o biologiji i tehnologiji genoma (AGBT), Illumina je najavila novi program prostorne tehnologije. Kako objašnjava Joel Fellis, potpredsjednik za upravljanje proizvodima u Illumini, razvijena su znatna poboljšanja u prostornom sekvenciranju. "Uložili smo puno napora u istraživanje i razvoj i vjerujemo da možemo ubrzati ono što je moguće u ovoj oblasti," napominje Fellis.
Inovativni pristup prostornom sekvenciranju
Illumina je već nekoliko godina radila na razvoju takve tehnologije, prema riječima Darrena Segalea, direktora znanstvenog istraživanja u Illumini. S obzirom na ubrzanje istraživanja u posljednjih godinu dana, tvrtka je razvila novi komplet koji će omogućiti istraživačima da istraže prostornu transkriptomiju koristeći dijapozitive i reagens.
Komplet će omogućiti istraživačima da izrađuju cDNA knjižnice koje su kompatibilne s Illumina sekvencerima, kao što su NovaSeq i NextSeq. Osim toga, postoji mogućnost uključivanja H&E dijapozitiva u analizu, što dodaje još jednu dimenziju istraživačkom procesu.
Raznovrsni kompleti s različitim veličinama područja hvatanja
Illumina planira lansirati dva soja kompleta koji će varirati u veličini područja hvatanja, omogućavajući korisnicima izbor između srednje i visoke propusnosti u zavisnosti od specifičnih potreba istraživanja. Osim toga, broj jedinstvenih gena po uzorku može varirati, s procjenama između 30.000 i 40.000, ovisno o trenutnim uvjetima eksperimenta.
Pozitivne rane povratne informacije od korisnika
Iako je tehnologija još u ranoj fazi, rani korisnici su već ponudili osvrte na kvalitetu podataka. Jasmine Plummer, direktorica Centra za prostornu OMICS, istaknula je kako su podaci zabilježili visoku osjetljivost i broj značajki čak i kod izazovnog tipa tkiva.
Još jedan rani korisnik, Nick Banovich, naglasio je kako je nova tehnologija omogućila profilisanje većih područja tkiva s izvanrednom osjetljivošću. Ova iskustva ukazuju na potencijal nove metode za dubinsko istraživanje stanične biologije.
Ispitivanjem tržišta i konkurencije
Prostorna transkriptomija nije potpuno nova ideja; ona je već nekoliko godina fazi razvoja s etabliranim igračima kao što su 10x Genomics koji su pružili slična rješenja. Fellis je primijetio da iako je tržište aktivno, još uvijek postoji puno prostora za razvoj. Illumina smatra da će njihova kombinacija visoke razlučivosti i širokog pokrića biti ključna prednost u usvajanju ove tehnologije.
Uvod u novu softversku platformu
U sklopu najave prostorne tehnologije, Illumina je predstavila i Illumina Connected Multiomics (ICM), novu platformu za analiziranje multiomičkih podataka. Ova platforma temeljena na oblaku omogućava istraživačima istraživanje i analizu raznovrsnih podataka iz različitih oblasti biotehnologije, čime se dodatno olakšava istraživanje i razvoj.
Cijena i budućnost tržišta
Unatoč uzbuđenju oko ove nove tehnologije, ostaje pitanje troškova. Prema Fellisu, očekuje se smanjenje cijena, što bi moglo učiniti nove usluge dostupnijima širem spektru istraživača. Spremnost Illumina da se upusti u ovu novu domenu sa svojim jedinstvenim pristupom može rezultirati značajnim pomacima u poljima istraživanja.
U kojem pravcu će se razvijati prostorna transkriptomija, a time i cijela multiomika, ostaje da se vidi. No, s obzirom na dinamiku i inovacije koje dolaze iz Illumina, budućnost sigurno izgleda obećavajuće.
