Novosti u NGS svijetu: Rocheova nova SBX platforma
U svijetu sekvenciranja nove generacije (NGS), najave novih tehnologija često izazivaju uzbuđenje i pažnju istraživača i znanstvenika. Nakon nekoliko godina stagnacije u inovacijama, Roche je nedavno oživio duh inovacije predstavljanjem nove tehnologije – SBX (Sequencing by eXample). Ova najava dogodila se neposredno prije prestižnog sastanka Advances in Genome Biology and Technology (AGBT), što je dodatno pojačalo interes za ovaj novi alat.
Uvod u SBX tehnologiju
Webinar koji je Roche organizirao za otkrivanje SBX tehnologije okupio je stručnjake iz različitih sfera, uključujući Marka Kokorisa, potpredsjednika zaduženog za ovu tehnologiju. Kokoris, koji je suosnivač Stratos Genomics, podijelio je svoju viziju i proces inovacije koji je doveo do stvaranja SBX-a. Ova tehnologija se, umjesto da se "slijedi DNK", fokusira na biokemijsku pretvorbu DNK u proširenu molekulu koja omogućava preciznije očitavanje genetskih informacija.
Inovativan pristup sekvenciranju
Kokoris je istaknuo da su njihovi istraživački napori rezultirali stvaranjem surogat molekula poznate kao Xpandomer, koja je 50 puta duža od ciljane DNK. Ovakva struktura omogućava bolju analizu signala i smanjenje šuma, što je ključno za točnost u sekvenciranju. X-NTP molkuli, koji igraju značajnu ulogu u ovom procesu, postavljeni su tako da osiguravaju čitanje podataka iz DNK s visokom razlučivošću.
Tehnička rješenja i izazovi
Budući da je razvoj SBX tehnologije zahtijevao inovacije u molekularnom inženjerstvu i kemijskim proizvodima, Kokoris se suočio s brojnim izazovima na putu do stvaranja funkcionalnog rješenja. Kao što je rekao, "ništa nije postojalo što bi objasnilo kako izgraditi cijepljivi X-NTP." Ovaj proces otkrivanja i izrade u praksi je zajedno s njegovim timom postavio temelje za razvoj tehnologije koja se trenutno predstavlja.
Iskustvo Rochea u NGS prostoru
Roche nije novak u svijetu sekvenciranja. Njihova akvizicija platforme 454 i Genia Technologies ukazuje na dugogodišnje prisustvo i iskustvo u ovom dinamičnom sektoru. Međutim, prethodne platforme nisu uspjele zadržati korak s konkurencijom, posebno s inovacijama koje su pružile kompanije poput Illumine i PacBio.
Potencijal i izazovi SBX-a
S obzirom na izazove postojećih NGS platformi, Kokoris i njegov tim smatraju da SBX može ponuditi značajne prednosti, uključujući fleksibilnost u operacijama, ekonomičnost i visoku propusnost. Iako je tehnologija trenutno namijenjena samo za istraživačku upotrebu, postoje ambicije za njeno uključivanje u kliničko okruženje. Planirano je da se komercijalizacija SBX-a dogodi do 2026. godine, a trenutni fokus je postavljanje temelja za prihvaćanje u znanstvenim krugovima.
Uzbuđenje u NGS zajednici
Najava SBX tehnologije donijela je val uzbuđenja među stručnjacima u NGS zajednici. Mnogi smatraju da je trenutak idealan za uvođenje noviteta u svijet sekvenciranja, jer postoji potreba za tehnološkim napretkom u ovoj oblasti. Kokoris je završio webinar zahvaljujući timu i svima onima koji su vjerovali u njegovu misiju kada se činilo kao "luda ideja".
Ova nova platforma potaknut će daljnje rasprave o budućnosti NGS-a i potencijalnim inovacijama koje se mogu očekivati u godinama koje dolaze. Kao što je rekao Peter Diamandis: "Dan prije nego što je nešto proboj, to je luda ideja." U tom kontekstu, SBX tehnologija možda označava novu eru u sekvenciranju DNK koja bi mogla promijeniti pravila igre.
